Lahirnya Madrasah Pembangunan UIN Jakarta berawal dari keinginan akan adanya lembaga pendidikan Islam yang representatif dari para tokoh di Departemen Agama dan IAIN Syarif Hidayatullah Jakarta. Pada awal tahun 1972, Panitia Pembangunan Gedung Madrasah Komprehensif dibentuk oleh Rektor IAIN Syarif Hidayatullah Jakarta, Prof. H.M. Toha Yahya Omar (alm).
Tahun Pelajaran 1991/1992 Madrasah Pembangunan membuka tingkat Aliyah.Peserta didik yang diterima pertama kali berjumlah 32 orang terdiri dari 10 laki-laki dan 22 perempuan. Setelah empat tahun berjalan, berkenaan dengan kebijakan pemerintah dalam hal pendidikan (khususnya Madrasah Aliyah), pada Tahun Pelajaran 1995/1996 MA . Pembangunan tidak menerima pendaftaran peserta didik baru .
Tahun 1996/1997, sebanyak 31 orang peserta didik terakhir lulus dari MA Pembangunan IAIN Jakarta. Seiring dengan perubahan IAIN Syarif Hidayatullah Jakarta menjadi Universitas Islam Negeri (UIN) Syarif Hidayatullah Jakarta, sejak tahun 2002 Madrasah Pembangunan IAIN Jakarta mengikuti perubahan nama menjadi Madrasah Pembangunan UIN Jakarta.
Baca Juga:Persikas Resmi Tunjuk Gultom Tangani Liga 3 Seri 2Benpas Lakukan Inovasi, Miliki Program Podcast
Tahun Pelajaran 2006/2007 atas dorongan Rektor UIN Syarif Hidayatullah Jakarta dan banyaknya animo masyarakat untuk menyekolahkan putra -putrinya di Madrasah Pembangunan UIN Jakarta, maka MA. Pembangunan kembali membuka tingkat Aliyah. Jumlah peserta didik yang diterima berjumlah 47 peserta didik terbagi dalam 2 rombongan belajar. Sampai dengan saat ini Madrasah Aliyah Pembangunan telah tiga kali diakreditasi dengan hasil “grade A” kategori “Memuaskan”.
MA Pembangunan UIN Jakarta telah dicanangkan sebagai Madrasah Riset dengan distinggi pada mata pelajaran Riset . Pada aspek manajerial , Madrasah Pembangunan UIN mengimplementasikan Sistem Manajemen Mutu (SMM) dan telah memperoleh sertifikat ISO 9001:2008 No.QSC:00863 untuk pelayanan pendidikan pada seluruh satuan pendidikan.
Madrasah Aliyah Pembangunan UIN Jakarta telah melakukan Revolusi dalam Pembelajaran dalam proses Penerimaan Peserta Didik Baru ( PPDB ) serta dalam Proses Kegiatan Belajar mengajar (KBM) di kelas.
Di tahun pelajaran 2016/2017 Madrasah Aliyah Pembangunan UIN Jakarta atas instuksi Yayasan menerapkan kebijakan pembelajaran berbasis Multiple Intellegences Research (MIR). Strategi ini diambil karena kami berkeyakinan bahwa setiap anak adalah bintang, mereka semenjak lahir telah dikaruniai kelebihan dan kekurangan dari Sang Pencipta (Khaliq).
Pendekatan MIR digunakan sebagai upaya untuk memberikan jawaban dan informasi kepada masyarakat bahwa sekolah yang berkualitas baik tidaklah harus dengan input peserta didik yang bagus atau brilian secara kognitif serta biaya pendidikan yang mahal, akan tetapi lebih kepada bagaimana sekolah /madrasah tersebut dapat menggunakan pendekatan yang tepat dalam proses pembelajarannya. Input siswa yang beragam (heterogen) dan berkemampuan rendah baik secara akademik ( kognitif ) dan finansial tidaklah menjadi sebuah kendala jika peserta didik tersebut dilakukan pembinaan dengan cara dan metode belajar yang benar dan tepat.